Habib Koité procede de un gran linaje de jelis Khassonké de Mali. Estudió música durante cuatro años en el Instituto Nacional de las Artes (NIA) en Bamako, en donde continuó dando clases de guitarra después de su graduación en 1982. La asociación de Koité con el NIA le facilitó la oportunidad de trabajar y tocar con una serie de músicos malíes de renombre como Kélétigui Diabaté y Toumani Diabaté.
En 1988 Koité formó su propia banda, Bamada, que recorrió exhaustivamente todo Mali. Ganó el primer premio en el Festival Perpignan Voxpole en 1991 lo que le dió la oportunidad grabar el célebre "Cigarrette A Bana," una canción antitabaco que se convirtió en un éxito en toda Africa Occidental. Después de la edición de se segundo single, "Nanale," se le otorgó el premio al músico revelación en 1993 otorgado por Radio Francia Internacional (RFl). Su álbum "Muso Ko" llegó rápidamente a la cima de la lista europea de éxitos de músicas del mundo.
Koité ha desarrollado su propio estilo, que utiliza las ricas tradiciones de Mali mezcladas con su propio sonido moderno. Ha adaptado los acordes y el sentir del kamale n'goni tradicional (o arpa juvenil) a su guitarra eléctrica, mientras que se adentra en las tradiciones profundas de la música de Mali, mezclando los sonidos del tama (tambor hablante) y bala (xilofón africano) con música de las regiones Bambara, norte de Takamba y Songhai.